Academy 버전은 소스코드를 제공하는 것을 원칙으로 배포됩니다. 

사용하고자 하는 컴퓨터에 FORTRAN 과 C 컴파일러가 설치되어 있어야 합니다.

병렬실행을 할 경우라면 사용되는 MPI 가 필요합니다.


여기서는 기본적인 설치과정만을 설명하겠습니다.

CHARMM 의 메인디렉토리 (2011년 2월 15일 현재 배포판 c35b6) 에서 작업을 수행합니다.

OS는 Ubuntu 10.04 LTS 이고 gcc version 4.4.3 을 사용합니다.

Mac OSX 등 다른 OS 나 다른 컴파일러를 쓴다면 install.com 의 옵션 리스트를 보고 적합한 것을 선택하면 됩니다.


install.com 의 명령어 구조는 다음과 같은데, <arch> 는 gnu, osx 등 OS 를 지정하는 것이고

<size> 는 xsmall, small, medium, large, xxlarge 등 실행파일이 다룰 수 있는 모델의 크기를

지정하는 것입니다. 그외에 여러 가지 옵션이 있습니다.


install.com <arch> <size> <install_options>



[1] Serial (1CPU) 실행파일 컴파일


default 설치는 gfortran 을 사용하여 medium size (25200 atoms) 로 지원되는

기능을 모두 포함하는 실행파일을 생성합니다. 명령은 다음과 같습니다.


install.com gnu


시스템 (분자모델) 이 아주 큰 경우라면 <size> 위치에 xxlarge 를 넣어 주면 됩니다.


install.com gnu xxlarge


medium size 로 간단한 기본 기능만 설치하고자 한다면 LITE 옵션을 줄 수 있습니다.


install.com gnu medium LITE


옵션을 주는 경우에는 반드시 <size> 를 지정하여야 합니다.

install.com 은 build 디렉토리에 <arch> 디렉토리를 만들고 거기에 build/UNX 에 탑재된

makefile (.mk) 을 복사합니다. 그리고 필요한 옵션이 나열된 prefx.dat file을 만들어 넣습니다.

그리고 각 module (source 디렉토리의 subdirectory를 말합니다.) 별로 lib 디렉토리에

libaray (.a) file을 생성하고, 그것들을 link 하여 exec/gnu/ 에 실행파일을 만듭니다.

실행파일은 exec/gnu/charmm 입니다. 이것을 OS path의 실행 디렉토리로 (에를 들어 /usr/local/bin 등)

옮기거나 복사하여 모든 사용자가 다 사용할 수 있도록 하거나, 본인이 사용할 수 있도록 옮겨도 됩니다.


이것을 c35b6.med 처럼 필요에 따라 고유한 이름으로 rename 해도 좋겠습니다.


mv exec/gnu/charmm <where_you_want_it>/c35b6.med



[2] Parallel (병렬) 실행파일 컴파일


병렬 환경에 따라 다양한 방법이 가능하겠지만, 여기서는 Ubuntu 데스크탑을 기준으로 간단한 방법만 다루겠습니다.

아직 MPI가 설치되어 있지 않다면, (which mpirun 해서 command not found 가 나온다면)


sudo apt-get install mpich2


시스템 명령으로 libmpich2-1.2 와 libmpich2-dev 를 설치합니다.

설치 명령은 foreground 에서 실행합니다. include 와 lib 디렉토리를 묻기 때문입니다.

(이것을 다른 방식으로 설정하고 background 에서 실행할 수도 있습니다만.)


install.com gnu medium M


여기서 M 이 MPI를 링크하라는 옵션입니다. mpi include file 이 있는 absolute path를 물으면 /usr/incldue

mpi lib file 있는 absolute path를 물으면 /usr/lib 라고 답합니다. (설치된 MPICH 에 따라서 다르겠지요?)


Serial 실행파일과 마찬가지로 exec/gnu/charmm 이 생성됩니다. 이것을 1CPU serial 실행파일처럼 실행시켜도 되고

mpirun 을 이용하여 병렬 실행을 시킬 수도 있습니다.



[참고] 보다 자세한 내용은 (좀 오래된 것이긴 합니다만) doc/install.doc 을 참고하세요.

          http://www.charmm.org/html/documentation/c35b1/install.html

조회수 :
11639
등록일 :
2011.02.20
02:12:51
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